路易九世逝世后，人们不能将他的遗骸留在远离基督教国际、远离他的法兰西王国的敌方土地上，有必要将他运送回国。安茹的夏尔面临缺乏经验的侄子菲利普三世，企图以戎行的统帅自居。年青的王却毫不迟疑地清晰说，大权由他掌握。所以，怎么样处理先王的遗骸成了叔侄之间的一宗政治比赛。菲利普建议赶快将父亲的遗骸送到法兰西，夏尔托言西西里岛很近，建议将哥哥的遗骸安葬在他的西西里王国。终究，叔侄二王终究达到退让，将先王的肌肉和心脏交给夏尔，安葬在蒙雷阿莱修道院中，骨殖则安葬在圣但尼王家墓地中。菲利普赞同不将其父遗体先行运送回国，而是由他自己带领戎行护卫回国。然后开端分化遗体。遗体分化后，放到加水的葡萄酒中煮了好久，直到骨肉分离。这种借由分化处理遗体的方法又称作条顿葬。

  基督教徒与突尼斯城的埃米尔于10月30日签署协议，11月11日，基督教徒战士们登船撤离，在路易和他的儿子让-特里斯坦两人遗骸的保佑下，菲利普带领部队踏上了回国之路。通过翻山越岭，香槟伯爵蒂博五世、王后阿拉贡的伊莎贝尔、普瓦捷的阿尔封斯和图卢兹的让娜在1271年5月21日抵达巴黎前逝世。路易的棺木陈放在巴黎圣母院，5月22日在圣但尼举办葬礼。

  路易九世被以为将受封为圣徒，身后马上遭到他的侍从和臣民的崇拜。他曾用手接触治好颈淋巴结结核，他的内脏在民间奇观极多的西西里屡次闪现圣迹。两件圣迹后来得到教会的供认，别的两件圣迹也被教会承受。后两件发生在棺木通过北意大利时，其他的还有一件圣迹发生在棺木快要抵达巴黎前的马恩河畔博纳伊。不久以后，圣迹在圣但尼接连不断。

  圣路易死时，教座出缺已经有了一段时刻，但在1271年9月1日，泰巴多·维斯孔蒂·德普莱桑斯中选成为额我略十世。从圣地回来之后，他作为教宗所作的榜首件事，就是在1272年3月4日要求路易九世的告解师博略的若弗鲁瓦供给尽可能翔实的有关这位“一切基督教徒君主当之无愧的榜样”王的资料。若弗鲁瓦花了数周或数月时刻撰写了一份有52章的资料，他以为路易九世具有正式追封为圣徒的资历。1274年3月，菲利普三世在里昂拜见了教宗，但后者对第2次里昂公会议更感兴趣。

  翌年，为路易九世出力的三个最重要的压力集团：威望、王室和法兰西教会——尤其是熙笃会、道明会和方济各会——开端举动。1275年6月兰斯大主教皮埃尔·巴贝特和他的副主教们呈上文件要求教宗赶快开端路易九世封爵批阅程序，翌月桑斯大主教吉勒斯二世·科尔努和他的副主教们递送文件作了相同的要求，9月道明会法兰西省省长递送文件也作出相同的要求。教宗所以指令驻法特使枢机主教西蒙·德布里对先王进行隐秘查询，这位特使是路易九世生前的谋士和总管，他的查询进行的十分敏捷，敏捷挨批草率，就在此刻，教宗于1276年1月10日逝世了。时刻不到一年半，依诺增爵五世、哈德良五世和若望二十一世先后接任教宗并逝世。

  1277年年末，新教宗尼各老三世要求菲利普三世供给更能阐明问题的资料；菲利普三世此前曾派出使团敦促教宗。教宗令西蒙·德布里做弥补查询。查询的终究成果呈交教宗，可是尼各老三世于1280年8月22日逝世，西蒙·德布里继任教宗，是为玛尔定四世，他对加快封圣程序起了决议作用。法兰西教会召开了一次代表会议，向教宗呈上了一份情真意切的请愿书。教宗答复这些高档神职人员说，要信任他的杰出期望，但作业要一件件不慌不忙地去做。1281年12月23日，玛尔定四世托付鲁昂大主教弗拉瓦库尔的纪尧姆、欧塞尔主教纪尧姆·德格雷兹和斯波莱托主教罗兰多·塔沃诺对路易九世的生平、道德和圣迹进行终究查询。他让他们到王墓上的圣迹进行实地查询，查询作业从1282年5月开端，到1283年3月完毕，就圣迹问题一共询问了330名目击者，就路易的生平询问了38位证人。查询资料送到罗马，但玛尔定四世却于1285年3月28日逝世了。

  继任教宗和诺理四世也有意封爵路易为圣徒，可是他于1287年4月3日逝世了。教座出缺将近一年。尼各老四世中选教宗后，命令安排一个新查询组，由三位枢机主教组成，持续对圣迹进行深入细致的查询，可是他于1292年逝世时，此项查询没有完毕。教座出缺历时一年半后，雷定五世意外地中选为教宗，这位教宗即位数月后就发现了自己难以担任如此重担，1294年主动卸职，回归修道院。

  1294年12月24日，曾是圣迹查询组成员的枢机主教本笃·卡埃塔尼中选为教宗，是为波尼法爵八世。他关于路易的圣徒道德毫不怀疑，并且很想与法兰西国王美男子菲利普坚持杰出联系。因此在1297年8月4日，他在奥尔维耶托正式揭露宣告封爵路易九世为圣徒的决议。8月11日，他再度为路易九世布道，并公布教宗颂词“荣耀”（Gloria laus），严肃宣告路易九世为圣徒，并把他逝世之日8月25日命名为一年一度的圣路易日。

  1298年8月25日在圣但尼举办了严肃的授圣典礼，参与此次典礼的有许多封圣批阅程序的见证人、高档神职人员、贵族、教会人士、骑士、市民和普通百姓，美男子菲利普将祖父的遗骨提高，安放在圣但尼圣殿主祭坛后边的一个盒子里。

  可是，圣路易遗骸的遭受独特而又风趣。事实上，一段时刻后，菲利普四世想把祖父的遗骸从圣但尼迁移到圣礼拜堂中去，以便把它更好地保存在王宫中。教宗波尼法爵八世一向期望与菲利普坚持杰出联系，他允许后者移走路易九世的遗骸，但要求将一支手臂或一根胫骨留在圣但尼修道院。可是，僧侣们不肯善罢甘休，菲利普不得不改动初衷，直到波尼法爵八世逝世。克雷芒五世中选教宗后，授权将圣路易的头骨转移到圣礼拜堂，但下巴、牙齿和下颌仍应留在原处，让僧侣们因此而得到安慰。巴黎圣母主教座堂分到了一根肋骨。1306年5月17日举办了盛大的典礼，把圣路易的头骨从圣但尼转移到巴黎。美男子菲利普于1299年向银匠纪尧姆·朱利恩定制了一只精美的盒子，用来盛装安放在圣礼拜堂中的头盖骨。尔后，僧侣们自己着手制作了一个小巧玲珑的盒子，用来盛装圣路易头骨的剩余部分；1307年8月25日为这只盒子举办了盛大的陈放礼，到会者有美男子菲利普以及一大批高档神职人员和贵族。

  美男子菲利普及其继承者们后来又将圣路易的若干指骨赠送给了挪威国王哈康五世，让他在卑尔根邻近为圣路易所建的教堂中供奉。此外，第一批分得遗骸的还有巴黎圣母主教座堂的修道士们、巴黎和兰斯的道明会士、鲁瓦尧蒙修道院院长罗贝尔二世和蓬图瓦兹修道院院长。1330年至1340年间，一个装有几块圣路易遗骨的盒子由瓦卢瓦的菲利普赠送给拜访巴黎的那慕尔的布兰卡，后来供奉在瓦斯泰纳的修道院。神圣罗马帝国皇帝卡尔四世1378年拜访巴黎时，也获赠一些圣路易的遗骨，这些遗骨后来供奉在布拉格大教堂。

  1392年，法兰西国王夏尔六世将剩余的圣路易遗骨装入一个新的遗骨盒时，请皮埃尔·戴里将一条肋骨转交教宗，将别的两根肋骨别离送给贝里公爵让一世和勃艮第公爵菲利普二世，将一块遗骨赠送给参与留念会的高档神职人员，由他们自己去分。1430年左右，巴伐利亚公爵路德维希七世为他首都英戈尔施塔特的教堂讨到了一块圣路易遗骨。1568年，为对立反对宗，巴黎举办严肃的，圣路易的一切遗骨此刻被悉数会集到巴黎。1610年9月，玛丽·德美第奇获赠一块遗骨，后来她深感悔恨，遂趁路易十三加冕之际原物奉还。奥地利的安娜于1616年获赠一小块肋骨后犹感缺乏，翌年总算获赠一条完好的肋骨；后来她又请吉斯枢机主教出头说情，为巴黎和罗马的耶稣会士弄到了一条肋骨和一条臂骨。雅克·勒高夫说，剩余的圣路易遗骨可能在法兰西大革命时分开或毁损。包含圣但尼和圣礼拜堂在内，现在仅剩一小块遗骸盒残片，保存在巴黎国立图书馆的徽章部。保存在巴黎圣母主教座堂的下颌骨和肋骨，也没能逃脱被分割的命运；1926年，巴黎大主教路易-恩斯特·迪布瓦将一小块肋骨馈赠给了蒙特利尔的法兰西圣路易教堂。

  1941年，圣但尼留念协会定制了一个新遗骨盒，在圣但尼大教堂的半圆形圣母堂中，现在还陈设着圣路易的一块遗骨，可是，何时以及怎么得到这块遗骨现在都成了谜。

  终究，埋葬在蒙特利尔的圣路易内脏一向平安无事，1860年，两西西里国王弗朗切斯科二世被赶出国内，在逃亡途中随身带着圣路易内脏，终究抵达罗马曾经，先在加埃塔逗留了一段时刻。脱离罗马后，他在奥地利皇帝弗朗茨·约瑟夫为他供给的古堡中住了一阵，旋即启航巴黎前，他把随身带来的圣路易内脏安放在这座古堡的小教堂中。在他写于1894年的遗言中，他把盛装圣路易内脏的遗骸盒留给红衣主教夏尔·拉维热里和白袍神甫，让他们供奉在迦太基大教堂中。