由于与天主教的法国签定多佛隐秘公约，查理企图在1672年的宽恕宣言中（Royal Declaration of Indulgence）提出宗教宽恕，给予不信国教者与“异端”的天主教徒同享相等的权利。可是议会斥责宣言，而且在1673年缔结发誓法（Test Act），规矩凡任英国公职者，有必要发誓崇奉英国公教、进行英国公教的圣餐典礼。被国会紧扣财务大权的查理，知机地吊销宽恕宣言，并赞同发誓法的发布，以交换国会拨款援助英荷战役。成果其时任职英国水兵大臣的约克公爵（詹姆斯二世），由于在前几年已暗里从头教改信天主教，所以约克公爵根据对天主教的忠诚崇奉，回绝发誓崇奉英国公教，辞去水兵大臣职位并揭露其天主教崇奉，构成轩然。

  由于查理的凯瑟琳王后，通过三次流产而不孕，而查理又不肯承受议会的要求，离婚另娶，所以查理之弟约克公爵，一向是公认的王位承继人。1673年约克公爵宣告他改信天主教，马上构成轩然与政局动乱。其时英国长时间的反天主教心情，现已被1666年伦敦大火给激烈激化（传言为天主教徒纵火），加上荷兰执政威廉三世派人离间言论，英国人连带敌视全部有关天主教的事物（特别是天主教崇奉的法国），天然更难坐视天主教的约克公爵，在未来坐上王位。

  亲爱兄弟家人的查理二世，采纳全部方法尽力保卫兄弟的王位承继权。他与新任辅弼丹比伯爵（英语：Thomas Osborne, 1st Duke of Leeds），召唤支撑王室的议员与社会人士，与对立约克公爵的自在派议员奋斗，所以以支撑约克公爵承继与否，英国政界被广泛地撕裂成两个派系：对立詹姆士的辉格党（沙夫兹伯里伯爵（英语：1st Earl of Shaftesbury）领导）与支撑詹姆士的托利党（丹比伯爵领导）。社会被撕裂与1674年党派构成，以及1672年中央政府受困于国会回绝拨款的难题（第三次英荷战役正急需用钱），被逼停付一年的告贷利息（实质性破产），使得金融界大惊惧与政府威信大跌，这些都构成政治与社会的危机，而且为后来的政治大风暴累积能量。

  1675年查理二世为了挽心，承受丹比伯爵（英语：Thomas Osborne, 1st Duke of Leeds）的主张，与新教的荷兰结盟（表面上），声称改行亲荷反法的方针。他把约克公爵崇奉新教的长女玛丽公主，嫁给清教徒的外甥——荷兰执政威廉三世（威廉的母亲是查理二世的妹妹），部分降低了公民对国王倒向天主教法国的疑虑。但查理仍私底下与法王路易十四进行隐秘交际，期望取得法国的交际补贴；查理并在财务大臣丹比伯爵的帮忙下，财务上开源节流、议会上合纵连横，暂时限制住沙夫兹伯里伯爵（英语：1st Earl of Shaftesbury）与辉格党实力（拜见洛克），大致保持住托利党政府的正常运作，直到1678年。

  政治大风暴的高潮，源于1678年亲辉格党的提图斯·奥茨，制作了所谓的“天主教密议（英语：Popish Plot）”（又称教宗诡计，“Popish Plot”）。提图斯·奥茨指控王后私家的天主教神甫，在王后的授意下诡计联合多名天主教徒，目的毒杀查理国王并拥立约克公爵（即之后的詹姆斯二世国王）继位。奥茨绘声绘色地描绘出密议的具体进程，并指控约克公爵涉入此诡计，一时间人心惶惶、心情失控，激烈要求查询天主教徒并处刑；由于奥茨的鼓动，许多市民信任，天主教的凯瑟琳王后与约克公爵正在幕后操纵查理，借由天主教法国的强壮援助，诡计把英国人带往天主教的妖言惑众。所以各市镇迸发激烈的反王室运动，王权危机再度呈现。

  接着由于1678年末查理与“太阳王”路易十四的隐秘交际决裂（此前路易实施双面交际，一面贿赂、收购部分的辉格党要员，一面断续的补贴查理（从1676年的10万英镑，喊价到1678年的30万），让两方一起对立英国托利党首领丹比伯爵（英语：Thomas Osborne, 1st Duke of Leeds）的侵法计划），路易十四想要直接瘫痪英国政府、削减法国潜在的敌人，所以向英国政界走漏一部分查理二世与路易十四的密约文件，证明查理仍与崇奉天主教的法国暗通款曲的风闻。言论与国会因而哗然大怒，以叛国罪弹劾查理的亲信、托利党首领丹比伯爵（英语：Thomas Osborne, 1st Duke of Leeds），使其坐牢，托利党政府分裂。查理不得已只好闭幕继续十八年的骑士议会，等待工作呈现起色；成果适得其反，1679年辉格党在新国会的实力大增，开端大举捕杀嫌疑的天主教徒（查理被逼签下三十多份死刑赞同书），约克公爵逃离英国。查理的王权降到最低点，而风暴进入最高潮。

  1679年后，查理蜕变成一个精明能干的优异政治家，以弹性和多变的战略抵挡辉格会，并极力争取民意、复兴王权。其时英国尽管有过半的公民仍支撑并爱戴国王（大多是农人），但由于其时只要中产市民，才有投票权推举议员和市镇自治的有关人员，所以查理的奋斗方针，聚集在怎么解救市民对他的决心。

  当辉格会不断测验立法废弃约克公爵的承继权时（扫除法案Exclusion Bill），查理与英国公教的主教们结成联盟，着重王位传承的崇高性（君权神授）。他分解辉格党人士并设下骗局，提出各种折衷的准备计划，向市民展现出国王处理实际问题的诚心与耐性，而让否决国王诚心的辉格会形象受创，渐渐给市民一种感觉说：强势蛮横的辉格党，正在欺压并摧残诚笃仁慈的国王，这使辉格党逐步失掉民意。比如说，查理提议未来先由国会选出摄政王，在约克公爵即位为詹姆士王后，由摄政王替约克公爵行使终身王权，只保存詹姆士名义上的王位。但沙夫兹伯里伯爵领导辉格党否决这项提议，而且强制要求由国会决议下一任君王，连带架空查理仅剩的王权。可是辉格党评论王位承继人时，自己却分裂成两派而优柔寡断，一派支撑查理二世的新教徒私生子蒙默斯公爵（英语：James Scott, 1st Duke of Monmouth）（沙夫兹伯里伯爵（英语：1st Earlof Shaftesbury）主张），占多数；一派支撑詹姆士的新教长女玛丽公主（已和威廉三世成婚），较少量。

  在1681年头，沙夫兹伯里伯爵（英语：1st Earl of Shaftesbury）带着辉格党的多数派议员，与查理二世进行一次关键性谈判。沙夫兹伯里把一份文件交给查理，要求他宣告蒙默斯公爵（英语：James Scott, 1st Duke of Monmouth）为合法承继人。查理回答说，这样的做法违背法令，也不符合正义。沙夫茨伯里说：“假如你遵守法令和正义，那就依托咱们（辉格党议会），由咱们处理全部问题。咱们将拟定重要的法令，使保持国内次序的必要措施具有合法性。”查理辩驳道：“不要想入非非了。我决不屈从，也决不受欺压。人往往是年岁越大胆子越小，而我却恰恰相反，在未来的生命路程中，我决不让自己的声誉被玷污；我的手中有法令和正义，全部正派的人都站在我的一边；而且，我还有（国教）教会的全力支撑。”提到这儿，他指了指在座（英国公教）的主教说：“一切的工作也不能使咱们别离。”这场谈判，打破查理之前言词闪耀、奸刁虚伪的不良形象，刻画他坚忍不拔、诚笃担任的正面形象，令在场人士震动动容，也在大众间留下深入的形象。在场的主教主张查理掌握宣扬机遇，指令全国的圣公会教堂，在礼拜天宣讲对话内容，这对查理之后的反击，可说是大大有利。

  此前在1680年时，查理已着手反击。他委任能言善道、智计百出的哈利法克斯侯爵（英语：George Savile, 1st Marquess of Halifax）为首席大臣，巧舌如簧地拉抬起支撑国王的言论；加上此刻渐渐的变多人发现所谓天主教密议根本是伪造出来的，所以查理二世运用人心对辉格党的逐步不满，并运用国王合法的特权——重复闭幕、重开国会，总算在1681年终究一次闭幕国会之后，逐步抢回主导权。其时许多不满查理的不信国教者与辉格党支撑者，把查理于1681年闭幕国会并回绝重开国会的指令，视作毁宪乱政的独裁暴行，因而酝酿发动革新（沙夫兹伯里伯爵当下在1681年被闭幕的国会议场，召唤组成“革新”议会，却被大多数议员回绝）；可是，更多新教市民则是惧怕内战再次产生，因而，要求平和闭幕的人数，比酝酿革新的多上数倍。

  1681年国会闭幕并不再举行之后，查理越来越能限制辉格党实力的主因，在于关税、消费税等国王正常收入继续不断的添加，而且以交际手法从头取得路易十四每年十万英镑的补贴（条件是支撑法国的霸主位置），让国王的年收入超越一百二十万镑（1684年挨近140万镑），不需要再举行国会，乞求其拨款。当1682年约克公爵充满决心肠回到英国之后，1683年迸发亲辉格党的“黑麦屋诡计”事情。这是一群反詹姆士的新教徒，计划在国王与约克公爵途经黑麦屋一地时，杀戮两人，让某位新教贵族荣登大宝。诡计揭露后，言论一面倒地支撑国王、对立辉格党，查理所以在压倒性民意的支撑下，查询搜捕辉格党高层；而且不需举行新国会，就有方法根除辉格党。查理在民意支撑下，紧缩本来是辉格党权利根基的城市自治权，辉格党首长被市政法庭以叛国等罪申述，而托利党人士则被选为顶替的市政首长；重要的辉格党人士如沙夫兹伯里伯爵（英语：1st Earl of Shaftesbury）、约翰·洛克，都被逼流亡荷兰、暂时沉寂；不信国教者也被有力地虐待。

  现在查理取得公民的爱戴与终究成功，重建了英国的肯定君主制（独裁王权），因而史家称号没有国会的1681-1685年为“第2次王政复辟（The Second Restoration）”（辉格党贬称为“第2次斯图亚特（独裁）”，以对照其父查理一世在1629-1640年实施的“”。查理开释监狱中的丹比伯爵、树立一支八千人的常备军。这四年中没有让他苦恼的议会（尽管哈利法克斯侯爵（英语：George Savile, 1st Marquess of Halifax）主张国王举行国会，可以得到更多支撑），他总算能顺心肠操控王国，直到1685年2月6日他逝世那日。临终前他在病床上皈依了天主教，并恳求王后宽恕她不忠诚的老公、嘱托弟弟詹姆士照料好他的情妇们；他的遗言是向病床周遭的人们表示歉意：“在这么不适的机遇过世，既让各位烦恼，也使我深感愧疚”。

  查理之弟詹姆斯二世继位，他借由兄长重建的君权神授准则，企图回复王权至上的传统。不幸的是，詹姆斯二世我行我素，损坏本来与英国公教的联盟，企图重建天主教崇奉。所以在1688年产生光荣革新，詹姆斯二世流亡法国，玛丽公主与其夫威廉三世一起登基为英国国王，也由于大的起草及签署，完全终结了英国的肯定君主制。

  查理被证明为一个极端机敏的政治家，也是一个精明的扯谎能手（比如他不断发誓崇奉英国国教，临终却皈依天主教）。他的终身不断碰上戏剧性的改变，其间历经大起大落，但晚年竟然大获全胜，重拾权利与荣耀，让后人眼花撩乱；史家也无法分断他真实的性情与目的，是一个盖棺无法论定的奥秘国王。

  查理二世最重要的三件业绩，第一是宣告《布雷达宣言（英语：Declaration of Breda）》，君主与议会一起办理国家（宣告了英国君主独裁年代的完毕）。第二，借“天主教诡计案”将议会中的天主教徒铲除出去（一致崇奉）。第三，签署“人权保护法”（开当今西方崇奉人权之先河）。

  尽管比起父亲和祖父，他显着天分懒散，可是遇到危机后就竭尽全力去处理，反而取得更丰盛的战果。除了两个检查法令，他对议会很少作出退让。他拒不抛弃对戎行的操控，而且极力解救其大臣丹比伯爵，防止其因叛国罪被处决。

  查理很有魅力、非常幽默并广受基层公民的爱戴。他被称为“(风流)快活的欢喜王”，可是吃喝有控制；他最大的缺陷是好色，有许多的情妇仍不满意（包含最宠爱的法国情妇路易丝），还要与偷情才快活，因而纵欲过度、危害健康。他由于早年失掉父亲、不能与家人聚会（母亲晚年也久居法国），所以登基后注重亲情、照料家人，即便堕入巨大危机也不离不弃。比如他全力保卫其弟詹姆士的承继权、爱戴不育的凯瑟琳王后（尽管查理对婚姻不忠），即便辉格党议会要求他离婚另娶佳人，他也不肯和天主教的王后离婚（辉格党期望有合法的新教王子承继王位）。查理还喜好赛马，许多的赛马规矩便是他拟定的；他也喜爱垂钓。

  尽管辉格党视他为可怕的暴君，但他其实便是仁慈、亲民且宗教宽恕的；托利党因而以为他是一个仁民爱物的好国王。他身后的七十五年中，一向有超越对折的公民思念查理二世的“黄金年代”（自在、低税与吃苦的年代），并对立18世纪前半的辉格党专政（寡头极权与重税克扣），这种形式一向继续到1760年“爱国君王”乔治三世（任内联盟托利党、限制辉格党）登基，才大致完毕。

  2005年，查理二世在前史频道（HistoryChannel）的纪录片《英国最巨大的君主》中，被评为英国十二位最巨大的君主之一。